La Fondation M2K dispose d’une structure organisationnelle conçue pour assurer une gouvernance efficace, des opérations efficientes et une prise de décision stratégique.

À sa tête se trouve l’Assemblée Générale, composée de tous les membres qui définissent l’orientation générale de la fondation. Le Bureau Exécutif, dirigé par le Coordonnateur, qui représente la fondation, supervise les opérations quotidiennes. Le Bureau Exécutif comprend également la Vice Coordonnatrice, le Secrétaire Général, la Trésorière et les Commissaires aux Comptes.

Les Groupes Thématiques, qui traitent de domaines spécifiques tels que l’agro-pastoral, la santé, l’éducation et le développement socio-économique, soutiennent le Bureau Exécutif. Ces groupes sont coordonnés par le Chargé des Groupes Thématiques. La fondation bénéficie également des conseils d’experts fournis par les Conseillers.